Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml

Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml

Spa: Las longitudes de ramas son parámetros importantes para otros estudios tales como la reconstrucción de área ancestral o la conservación basada en filogenias. RaxML es un programa para análisis filogenético basado en máxima verosimilitud, de utilidad paramatrices grandes de datos, pero, produce...

Full description

Bibliographic Details
Main Authors: Leon Alvarado, Omar Daniel, Miranda Esquivel, Daniel Rafael
Format: Documento de Conferencia
Language:spa
Published: 2021
Online Access:http://repositorio.uptc.edu.co/handle/001/6986
_version_ 1801705886611144704
author Leon Alvarado, Omar Daniel
Miranda Esquivel, Daniel Rafael
author_facet Leon Alvarado, Omar Daniel
Miranda Esquivel, Daniel Rafael
author_sort Leon Alvarado, Omar Daniel
collection DSpace
description Spa: Las longitudes de ramas son parámetros importantes para otros estudios tales como la reconstrucción de área ancestral o la conservación basada en filogenias. RaxML es un programa para análisis filogenético basado en máxima verosimilitud, de utilidad paramatrices grandes de datos, pero, produce valores de verosimilitud diferentes a los de otros programas (e.j. PhyML, GARLI). Se ha propuesto una post-optimización de longitudes de ramas, y el programa más común ha sido PhyML. Aquí evaluamos, si, después de la optimización de ramas, las terminales mantienen la proporción de longitudes. Se esperaría una alta correlación lineal entre las longitudes de ramas optimizadas y no optimizadas. Para responder esto, se construyeron 50 filogenias usando tres diferentes métodos, primero usando RaxML v8, después, la filogenia obtenida con RaxML v8 fue usada como árbol inicial para PhyML v3.0 y finalmente se corrió PhyML v3.0 sin ningún árbol inicial. Todos los métodos usaron el modelo de evolución nucleotídico GTR+GAMMA con análisis particionado. Se realizaron tres comparaciones: 1) Optimización de la topología de RaxMLvs la topología original de RaxML, 2.) Topología original de PhyML vs topología original de RaxML, y 3.) Optimización de la topología de RaxML vs topología original de PhyML.Para cada comparación, se realizó una correlación de Spearman usando solo las longitudes de ramas de las terminales. Las tres comparaciones presentaron un alto valor en la correlación (1. R2=0.77, 2. R2=0.77, 3. R2=0.94), sin embargo, todas las correlaciones no fueron significativas (p-value> 0.05). Para las comparaciones 1 y 2, algunas especiespresentaron ramas cortas en PhyML, pero largas en RaxML y vice versa. Aun con el alto valor en las correlaciones, la optimización de longitudes de ramas de RaxML está sesgada porque, en general, las especies no mantienen la proporción de longitudes de ramas después de la optimización, así que es necesario revisar las longitudes con PhyML.
format Documento de Conferencia
id repositorio.uptc.edu.co-001-6986
institution Repositorio Institucional UPTC
language spa
publishDate 2021
record_format dspace
spelling repositorio.uptc.edu.co-001-69862022-08-05T21:26:09Z Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml Leon Alvarado, Omar Daniel Miranda Esquivel, Daniel Rafael Spa: Las longitudes de ramas son parámetros importantes para otros estudios tales como la reconstrucción de área ancestral o la conservación basada en filogenias. RaxML es un programa para análisis filogenético basado en máxima verosimilitud, de utilidad paramatrices grandes de datos, pero, produce valores de verosimilitud diferentes a los de otros programas (e.j. PhyML, GARLI). Se ha propuesto una post-optimización de longitudes de ramas, y el programa más común ha sido PhyML. Aquí evaluamos, si, después de la optimización de ramas, las terminales mantienen la proporción de longitudes. Se esperaría una alta correlación lineal entre las longitudes de ramas optimizadas y no optimizadas. Para responder esto, se construyeron 50 filogenias usando tres diferentes métodos, primero usando RaxML v8, después, la filogenia obtenida con RaxML v8 fue usada como árbol inicial para PhyML v3.0 y finalmente se corrió PhyML v3.0 sin ningún árbol inicial. Todos los métodos usaron el modelo de evolución nucleotídico GTR+GAMMA con análisis particionado. Se realizaron tres comparaciones: 1) Optimización de la topología de RaxMLvs la topología original de RaxML, 2.) Topología original de PhyML vs topología original de RaxML, y 3.) Optimización de la topología de RaxML vs topología original de PhyML.Para cada comparación, se realizó una correlación de Spearman usando solo las longitudes de ramas de las terminales. Las tres comparaciones presentaron un alto valor en la correlación (1. R2=0.77, 2. R2=0.77, 3. R2=0.94), sin embargo, todas las correlaciones no fueron significativas (p-value> 0.05). Para las comparaciones 1 y 2, algunas especiespresentaron ramas cortas en PhyML, pero largas en RaxML y vice versa. Aun con el alto valor en las correlaciones, la optimización de longitudes de ramas de RaxML está sesgada porque, en general, las especies no mantienen la proporción de longitudes de ramas después de la optimización, así que es necesario revisar las longitudes con PhyML. 2021-12-21T18:31:07Z 2021-12-21T18:31:07Z 2017-04-17 Documento de Conferencia http://purl.org/coar/resource_type/c_8544 info:eu-repo/semantics/conferenceObject info:eu-repo/semantics/publishedVersion Text http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 http://repositorio.uptc.edu.co/handle/001/6986 1740 instname:Universidad Pedagogica y Tecnologica de Colombia reponame:Repositorio de la Universidad Pedagogica y Tecnologica de Colombia repourl:https://repositorio.uptc.edu.co/ spa Simposio Nacional de Evolución, Ecología y Medio Ambiente -2015 https://rdigitales.uptc.edu.co/memorias/index.php/simp_n_ev_eco/sim_n_evo_eco/paper/download/1740/1747 https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ info:eu-repo/semantics/openAccess Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional (CC BY-NC-SA 4.0) http://purl.org/coar/access_right/c_14cb application/pdf application/pdf https://rdigitales.uptc.edu.co/memorias/index.php/simp_n_ev_eco/sim_n_evo_eco/paper/view/1740
spellingShingle Leon Alvarado, Omar Daniel
Miranda Esquivel, Daniel Rafael
Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml
title Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml
title_full Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml
title_fullStr Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml
title_full_unstemmed Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml
title_short Sesgo en la optimización de las longitudes de ramas de Raxml
title_sort sesgo en la optimizacion de las longitudes de ramas de raxml
url http://repositorio.uptc.edu.co/handle/001/6986
work_keys_str_mv AT leonalvaradoomardaniel sesgoenlaoptimizaciondelaslongitudesderamasderaxml
AT mirandaesquiveldanielrafael sesgoenlaoptimizaciondelaslongitudesderamasderaxml